Kornetu-Peļļu subglaciālās iegultnes dziļākajās iedobēs atrodas nelielu, šauru, garu un dziļu, lielākoties savā starpā savienotu caurteces ezeru virkne. Kopējais ezeru skaits – 16. 15 no tiem atrodas Latvijas teritorijā un 12 iekļauti dabas liegumā «Korneti-Peļļi». No ezeru virknes, kas savā starpā savieno Bezdibeni, Rencīti un Kalekaura ezeru, vienīgi Kalekaurs ir iekļauts dabas liegumā. Dabas liegumu «Korneti-Peļļi» veido trīs atsevišķas daļas. Lielākajā no tām atrodas Pilskalna, Dzērves un Ievas ezers, Trumulītis, Raipals, Mellītis, Lielais un Mazais Baltiņš. Šīs lieguma teritorijas rietumu galā atrodas Ilgājs, Smilšājs, Sūneklis. Iegultnē uz rietumiem no Sūnekļa atrodas dabas liegumā neiekļautais Peļļu ezers. Pēc platības lielākais – 36,1 ha, garākais – 2,7 km un ar lielāko dziļumu – 35 m ir Raipals, bet viens no mazākajiem ezeriem pēc platības 3,2 ha – Mazais Baltiņš ir otrs dziļākais, sasniedzot pat 32 m dziļumu. Mazais Baltiņš pēc fizikāli ķīmiskajiem un bioloģiskajiem rādītājiem novērtēts kā vāji eitrofs ar augstu ekoloģisko kvalitāti. Lielais Baltiņš pēc minētajiem rādītājiem novērtēts kā vāji eitrofs ar labu ūdens kvalitāti. Pārējie lieguma ezeri, kā arī Peļļu ezers, ir vāji eitrofi – eitrofi dzidrūdens ezeri. Par ūdens kvalitāti liecina arī ezeru caurredzamība un ūdens krāsa. Jo caurredzamība lielāka, jo ūdens tīrāks. Jo ūdens zilganāks, zilganzaļāks, jo tas organiskām vielām nabadzīgāks. Tā kā subglaciālajai iegultnei nav izteikta garenkrituma, ezeru virknes veido atšķirīgas upes. Piemēram, Pilskalna, Dzērves, Ievas ezers un Raipals ietek Trumulītī, no kura iztek Pērļupīte jeb Lankupīte. Teritorijas ūdeņi pieder Gaujas lielbaseinam. Peļļupīte ir Vaidavas pieteka, savukārt Vaidava un Pērļupīte ietek Gaujas pietekā Mustjegi.
